nnUNet 2D 이미지 돌릴때, cannot convert float infinity error 해결법

https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet/issues/1236

OverflowError: cannot convert float infinity to integer · Issue #1236 · MIC-DKFZ/nnUNet

https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet/issues/1253

Problems during training · Issue #1253 · MIC-DKFZ/nnUNet

 

 

위의 두 글은 둘다 nnUNet의 preprocessing에서 나오는 에러에 대해서 이야기를 하고 있다.

물론 나도 똑같은 에러로  preprocessing조차 넘어가지 못하는 상황ㅠㅠ에서 이리저리 찾다보니 발견하게 되었는데,

 

OverflowError: cannot convert float infinity to integer

number of threads: (8, 8)

not using nonzero mask for normalization
not using nonzero mask for normalization
not using nonzero mask for normalization
Are we using the nonzero mask for normalizaion? OrderedDict([(0, False), (1, False), (2, False)])
the median shape of the dataset is [1.000e+00 1.536e+03 2.048e+03]
the max shape in the dataset is [1.000e+00 1.536e+03 2.048e+03]
the min shape in the dataset is [1.000e+00 1.536e+03 2.048e+03]
we don't want feature maps smaller than 4 in the bottleneck
the transposed median shape of the dataset is [1.000e+00 1.536e+03 2.048e+03]
generating configuration for 3d_fullres

 

이렇게 돌아가다가 꼭 generating configuration for 3d_fullres에서 에러가 나는 문제인데

 

개발자는 아마도? 당시에 바빴던 것인지?

대부분의 질문글에 답이 있는데, 저 글들에만 공통적으로 해결법을 제시해주지 않음을 보고는.. (절망 ㅠ)

 

어디가 문제인지.. 코드부터 뜯고 맛보다가.. 문득, 아니 코드가 틀렸겠어? 다른사람한테는 잘돌아가는데!

하는 마음에 공식 document부터 다시 읽었다.

 

 

아? 써져있네?

2D (1, X, Y) 이미지는 preprocessing 코드를 다르게 넣어줘야한다고..?

 

근데 솔직히 너무 구석탱이에.. 링크 타고 들어가고 들어가서 볼수 있는 코드에다가 적혀있어서 찾기가 힘들었다.

뭐 아무튼.. 위의 링크에 있는 답변을 받지 못한 분들께 도움이 되길 바라며, 깃허브에 개발자 대신..일단은 내 상황과 해결법을 적어두었다.

 

2d nnunet preprocessing을 사용할때는, 

> nnUNet_plan_and_preprocess -t xxx -pl3d None

이렇게 적어줘야한다. 저기서 xxx는 task number.

3d 형식으로 preprocess를 넣어주면 위와같이 generating 3d fullres에서 오류가 나는듯?

 

+

오.. 개발자가 내 코멘트를 봤다.

지금 답변을 못받은 분들께 다시 해결했는지 물어보는거 보니, 그때 못봤거나 까먹은게 맞는듯 하다 ㅎㅎㅋㅋ

그나저나.. 코드 관리도 열심히 하고 많은 사람들과 소통을 끊이지 않고 코드를 개선해 나가는 개발자의 모습을 보니.. 멋지네..

ㅎㅎ 뭔가 뿌듯..?!

솔직히 이거 하나 찾는다고 너무 오래 삽질을 해서, 미래의 다른 희생자?가 나오지 않게 readme에 추가해달라고 이야기는 했는데.. 해줄지?!